使用しているHugoのバージョンは、v0.70.0/extended darwin/amd64 です。
不具合？
たぶん、私の勘違いや誤解であって、私が悪いのであって、Hugoの開発者は悪くないと前置きしておきます。
.IsHome は、https://example.com/（トップページ）かどうかの判定に使われると思います。
しかし、https://example.com/page/2/ にアクセスした場合も、.IsHomeはtrueになります。
どうしてかな？
本来、 .IsHome が true になるのは、https://example.com/（トップページ）だけが正解のような気がするけど、違うのかな？
HugoのCommunityを見たら
You can check the .Paginator.PageNumber.
と書いてあり、おそらく、そういう仕様なのだろう。
{{ $paginator := .Paginate (where .Site.RegularPages "Section" "blog") 5 }}
{{ if lt $paginator.PageNumber 2 }}
以下省略
と、書いて解決しました。
